Werner Pfaff a étudié la direction (son principal professeur a été Hans Michael Beuerle), le piano, le chant, la théorie de la musique, ainsi que l’allemand et la philosophie. La collaboration avec Solti, Sinopoli, Chailly, Bertini, Inbal, Harnoncourt, Gielen, Marriner, Rostropovitch, Penderecki et Ericson lui a permis de faire d’autres expériences artistiques importantes. Depuis 1980, Werner Pfaff dirige l’ensemble « Studio Vocale Karlsruhe » avec lequel il a obtenu plusieurs premiers prix internationaux.

Il dirige plusieurs chœurs de Conservatoire en tant que chef de chœur invité, à Caracas (Venezuela), Danzig (Pologne), Bâle (Suisse), Vilnius (Lituanie). IL est à la tête d’ateliers de chorale internationaux à Cuba, en Argentine, au Venezuela. Il participe à des festivals tels que « Zimriya » en Israël, « Europa Cantat 12 » au Danemark ainsi qu’en Allemagne et en Pologne.

Il organise des séminaires de direction et donne des master-class dans le monde entier. De plus, il participe au jury de nombreux concours de chorale internationaux, entre autres à Tours (France), Tolosa (Espagne), Riva del Garda (Italie), Trelew (Argentine), Netanya (Israël), Międzyzdroje (Pologne) et Zwickau.

Werner Pfaff a été cofondateur de l’Académie germano-polonaise de chant choral In Terra Pax en 1991. Il a assuré la direction de ce chœur plusieurs années consécutives.